第一任醫學研究所所長
陳幸一教授，83.12.01~85.07.31
第二任醫學研究所所長
陳紀雄教授，85.08.01~87.07.31
第三任醫學研究所所長
陳幸一教授，89.08.01~90.07.31
第四任醫學研究所所長
藍忠孚教授，90.08.01~90.09.30
第五任醫學研究所所長
郭重雄教授，90.10.01~92.07.31
第六任醫學研究所所長
賴明亮教授，92.08.01~93.01.31
第七任醫學研究所所長
林銘德教授，93.02.01~99.01.31
第八任醫學研究所所長
第一任醫學科學研究所所長
※99學年度起，醫學研究所、生命科學博士班及臨床醫學研究所三所整併為醫學科學研究所
朱堂元教授，99.02.01~99.07.31
99.08.01~103.01.31
第二任醫學科學研究所所長
蔡榮坤教授，103.02.01~迄今